ATAC-seq與RNA-seq聯(lián)合分析，可以獲得生物體的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制。通過ATAC-seq獲得細(xì)胞在某一特定時空俠染色質(zhì)展開區(qū)域的信息，可用于檢測在該條件下發(fā)生轉(zhuǎn)錄的基因及順式作用元件。通過RNA-seq技術(shù)可獲得細(xì)胞在該特定時空下所有轉(zhuǎn)錄本信息。將兩者數(shù)據(jù)相整合，則可以推斷相關(guān)基因上游的順式調(diào)控序列，宏觀分析細(xì)胞在特定時空下整個基因組的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。同時ATAC-seq數(shù)據(jù)可以更好的支撐RNA-seq數(shù)據(jù)，更為精確地探索基因高表達(dá)和低表達(dá)的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制。這一策略廣泛應(yīng)用于不同類型的細(xì)胞分化，腫瘤發(fā)生發(fā)展以及胚胎發(fā)育等生物學(xué)研究過程。

示例：Integration of ATAC-seq and RNA-seq identifies human alpha cell and beta cell signature genes

本篇文章中，作者利用ATAC-seq檢測人a和β細(xì)胞中開放的染色質(zhì)區(qū)域。將這些開放性染色質(zhì)圖譜與已分類的人類α和β細(xì)胞的mRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)，以識別可能負(fù)責(zé)調(diào)控細(xì)胞類型特異性表達(dá)特征基因的順式調(diào)控元件。

ATAC-seq和CUT＆Tag聯(lián)合分析

ATAC-seq和CUT＆Tag聯(lián)合分析，可以對ATAC-seq得到的一些轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合區(qū)進(jìn)行驗證。從ATAC-seq我們可以了解到染色質(zhì)的可接近性的動態(tài)變化，由于由于染色質(zhì)的可及性與調(diào)控元件或轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合密切相關(guān)，在轉(zhuǎn)錄調(diào)控中發(fā)揮著重要的作用。CUT＆Tag整合分析可以進(jìn)一步探究調(diào)控某一生物學(xué)過程的關(guān)鍵因子（包括順式調(diào)控元件和轉(zhuǎn)錄因子），以及哪個轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控了感興趣的基因，以及感興趣的轉(zhuǎn)錄因子的靶基因等。示例：The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity

在本篇文章中，作者通過對腫瘤微環(huán)境中的炎癥因子和代謝物進(jìn)行系統(tǒng)分析，發(fā)現(xiàn)腫瘤產(chǎn)生的超氧化物ROS可以維持周圍浸潤T淋巴細(xì)胞中PAC1基因的高表達(dá)。PAC1通過募集核小體重構(gòu)和去乙?；∟uRD）復(fù)合體，降低染色質(zhì)開放性（ATAC-seq實驗）、組蛋白乙?；?、CHD4與DNA的結(jié)合能力（CUT＆Tag實驗），特異性抑制T淋巴細(xì)胞防御功能，最終導(dǎo)致T細(xì)胞衰竭和癌癥免疫逃逸。

ARTICLE

The landscape of accessible chromatin in

mammalian preimplantation embryos

該研究通過將ATAC-seq與CRISPR／Cas9 輔助線粒體去除技術(shù)相結(jié)合，繪制出了小鼠著床前胚胎中全基因組易接近染色質(zhì)圖譜。通過將ATAC-seq鑒定出的順式調(diào)控元件和單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜相整合，構(gòu)建出了早期發(fā)育的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，幫助確定了一些重要的譜系專向分化調(diào)控因子。發(fā)現(xiàn)在小鼠胚胎發(fā)育的不同階段，被激活的基因的啟動子區(qū)域均處于開放狀態(tài)。最后，該研究提出在主要合子基因組激活之前一些順式調(diào)控元件及相關(guān)開放染色質(zhì)的活性下降?？傮w看來，這些研究數(shù)據(jù)揭示出了伴隨早期哺乳動物發(fā)育的一些與眾不同的時空染色質(zhì)結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)模式。由此可見，多組學(xué)聯(lián)合分析在研究胚胎發(fā)育和細(xì)胞分化方面具有廣闊的發(fā)展前景。

Combining ATAC-seq with nuclei sorting for discovery

of cis-regulatory regions in plant genomes

Zefu Lu',Brigitte T. Hofmeister2,Christopher Vollmers3, Rebecca M. DuBois3 and Robert J.Schmitz

為了探究可接近區(qū)域的生物學(xué)功能，該研究鑒定了擬南芥整株幼苗（Col-0 50000seedling replicate 1）和根（Col-0 50000 root replicate 1）的組織特異性區(qū)域，進(jìn)而在TSS上游1kb的peak中和基因區(qū)找出1265個整株幼苗特異性基因和808個根特異性基因。對這些基因進(jìn)行GO 功能分析，發(fā)現(xiàn)幼苗特異性基因主要與光合作用有關(guān)，而根特異性基因主要與環(huán)境應(yīng)激有關(guān)，這與不同組織的主要功能一致。同時為了探究FANS-ATAC-seq是否也可以用來檢測TF-binding位點，研究者比較了已發(fā)表的7個轉(zhuǎn)錄因子的ChIP-seq 數(shù)據(jù)與FANS-ATAC-seq結(jié)果，結(jié)果顯示大部分的ChIP-seq peak 與可接近區(qū)域相關(guān)。這表明，FANS-ATAC-seq是尋找基因組范圍的DNA-TF 互作的一種有效手段12］。

安培生物致力成為推動生命科學(xué)進(jìn)步值得信賴的合作者

深圳/湛江安培生物科技有限公司,是一家具有核心的技術(shù)實力、先進(jìn)的經(jīng)營管理水平和完善的市場銷售體系的生物高科技企業(yè)?？偛吭O(shè)在廣東，服務(wù)面向全國。安培生物集進(jìn)口試劑、實驗室耗材銷售、技術(shù)服務(wù)與合約開發(fā)為一體的專業(yè)化高科技公司，旨在為生命科學(xué)的發(fā)展提供較好的產(chǎn)品與服務(wù)。本公司建立了涵蓋分子生物學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、免疫學(xué)、信號傳導(dǎo)和神經(jīng)科學(xué)等領(lǐng)域的產(chǎn)品供應(yīng)線，在各個領(lǐng)域內(nèi)向用戶提供較高的水平和質(zhì)量穩(wěn)定的產(chǎn)品，安培生物致力于為廣大的科研機構(gòu)、高等院校等客戶提供各種產(chǎn)品、技術(shù)支持與服務(wù)。

可以在第一時間為用戶提供比較先進(jìn)的專業(yè)資訊和完備的產(chǎn)品和物流服務(wù)。 專業(yè)的技術(shù)力量使得我們能夠為廣大用戶提供強大的技術(shù)支持，深厚的人脈資源使得我們在全國主要城市擁有眾多的合作伙伴，安培生物非常榮幸能將世界上先進(jìn)的高科技產(chǎn)品推薦給國內(nèi)從事生物學(xué)領(lǐng)域科研的老師和同仁。作為專業(yè)性的產(chǎn)品供應(yīng)商，公司出資存?zhèn)淞舜罅楷F(xiàn)貨，配合優(yōu)秀的銷售隊伍以及專業(yè)的技術(shù)支持，隨時為客戶提供服務(wù)。